h2 1.3.176で確認。
jdbc:h2:file:....
でローカルのDBを開いて、マルチスレッドでクエリ発行してるとテーブルのlock timeoutでエラーになる。
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みたいなやつ。
同時アクセスを相当制限しても低確率で発生するし、タイムアウト長くしても発生するし、何らかのバグがある気がする……。
接続時のjdbc文字列に、MVCC=TRUE
オプションを指定したら解決しました。
http://stackoverflow.com/questions/4162557/timeout-error-trying-to-lock-table-in-h2